Jonathan Karr

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I'm a fellow at the Mount Sinai School of Medicine. My career goal is to understand and reverse engineer the complexity of biology to enable (1) personalized and predictive medicine and (2) rational bioengineering. My approach is to develop comprehensive computational models, and to compare model predictions to experimental data. I believe these models are essential to reverse engineering biology.
Professional Interests: systems biology, translational medicine

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Coverage Report Generator
Generates Cobertura-style XML coverage report

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Mat file header utilities
Utility functions for reading and writing .mat file headers

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Mat file utilities
Utility functions for differencing mat files and structs.

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Empirical formula
Class for representing empirical formulae including support for basic math (+, -, *, etc.)

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Interface util
Utility class for checking if a class implements an interface.

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Run MCC
Perl script for compiler MATLAB code from the command line using project (.prj) files.

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Computer info
Returns username, hostname, and IP address of the current machine.

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Platform independent MySQL database solution with blob support.

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N-dimensional Sparse Matrices
N-dimensional sparse matrix and circular sparse matrix classes for arbitrary N.

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Computes absolute path from relative paths

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