David Snyder

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Professional Interests: Biochemistry, NMR, Protein Structure and Dynamics

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analyze_nn_euclidean_data
Clusters data (with optional initial outlier detection) based on shortest path distances of minimum spanning tree.

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parse_mol2
MATLAB function for parsing TRIPOS Mol2 format files

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AnalyseTOCSYbyNMF
Non-negative matrix factorization of 2D NMR spectra

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split_mol2
Split mol2 file for multiple molecules into files with one molecule per file

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gen_hermitian_sols.m
Hermitian, Positive Semidefinite Solutions to a Matrix Equation

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2D NMR Simulation Tools
Routines to simulate 2D NMR spectra

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Mileage Fitting
Fit curve for gas mileage as a function of vehicle speed (assuming power losses are due to wind & rolling resistance as well as ...

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Thompson (Part) Metric
Calculate the Thompson (part) metric between two matrices.

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CoRe-CMAP Toolkit
Software implementing the CoRe-CMAP model for predicting protein flexibility

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Clustering of Ligand Diffusion Coefficient Pairs (CoLD-CoP) Toolbox
Analyze paired DOSY spectra to identify ligands binding macromolecules

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Find Core Toolbox, version 2.0
MATLAB implementation of the FindCore and FindCore2 algorithms

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Multi-FindCore Toolbox
Extends FindCore Toolbox to cluster a set of structural models and superimpose each cluster

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Covariance NMR Toolbox
A collection of MATLAB functions implementing common covariance NMR processing methods

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Get Cluster "Distances"
Parse a SAHN tree to obtain the distances associated with nodes representing clusters

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Generalized Linkage Function
SAHN clustering with an arbitrary (user provided) inter-cluster distance function

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trimZ.m
trims the SAHN tree, Z, generated by the function, linkage to correspond to cluster(Z,'maxclust',m)

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