Catrex GUI

Version 1.0.0 (444 KB) von Jesus Perez
Graphical user interface to extract calcium transients from imaging experiments. Get raster of neuronal activity from a raw tiff file.
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Aktualisiert 28. Jul 2020
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GUI in MATLAB for automated calcium transients extraction from imaging experiments.

1. Load tiff file with the sequence of images acquired.
2. Perform non-rigid (or rigid) motion correction.
3. Find cells based on Suite2P algorithm (Pachitariu et al., 2016).
4. Evaluate ROIs identified (area, circularity, perimeter, eccentricity and overlapping).
5. Extract calcium transients using local neuropil as the basal of fluorescence.
6. Evaluate peak signal-to-noise ratio (PSNR).
7. Perform spike inference (foopsi; Friedrich & Paninski, 2016).
8. Get raster activity, a binary matrix where each row is the activity of a single ROI.

Output of a structure variable with all data analyzed

Zitieren als

Jesus Perez (2024). Catrex GUI (https://github.com/PerezOrtegaJ/Catrex_GUI/releases/tag/V1.0.0), GitHub. Abgerufen.

Kompatibilität der MATLAB-Version
Erstellt mit R2020a
Kompatibel mit allen Versionen
Plattform-Kompatibilität
Windows macOS Linux
Kategorien
Mehr zu Microscopy finden Sie in Help Center und MATLAB Answers
Quellenangaben

Inspiriert von: Suite2P, CaImAn

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Version Veröffentlicht Versionshinweise
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