Hi! I encountered the same issue where “ss2tf” expected a dense matrix but got a sparse one instead. It can be addressed by reducing the dimensionality of the system using "eigs" and constructing a reduced state-space model. 
The “eigs” function extracts a subset of important eigenvalues and eigenvectors, allowing a reduced representation of the state-space model. Here's an example code to use "eigs" function: 
load variable_used.mat %Load example variables used
numModes = 100; % Adjust based on your system's dynamics
% Extract a reduced model using eigs
[V, D_eigs] = eigs(A, numModes); % V: eigenvectors, D_eigs: eigenvalues (diagonal matrix)
% Reduce the state-space matrices
A_red = V' * A * V; % Project A onto the reduced subspace
B_red = V' * B;     % Transform B to the reduced subspace
C_red = C * V;      % Transform C to the reduced subspace
% Adjust D to match C_red's rows and B_red's columns
if size(C_red, 1) > size(D, 1) 
    D_red = repmat(D, size(C_red, 1), 1);  
else 
    D_red = D(1:size(C_red, 1), :);  
end 
if size(B_red, 2) > size(D_red, 2) 
    D_red = [D_red, zeros(size(C_red, 1), size(B_red, 2) - size(D_red, 2))];  
else 
    D_red = D_red(:, 1:size(B_red, 2)); 
end 
% Use the reduced state-space model with ss2tf
input_index = 1; % Choose the desired input index (1 ≤ input_index ≤ number of inputs in B_red)
[nom, denom] = ss2tf(A_red, B_red, C_red, D_red, input_index);
% Display the result
disp('Numerator coefficients:');
Numerator coefficients:
disp(nom);
   1.0e+41 *
  Columns 1 through 9
   0.0000 + 0.0000i   0.0000 - 0.0000i   0.0000 - 0.0000i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i
   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i
   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i
   0.0000 + 0.0000i   0.0000 - 0.0000i   0.0000 - 0.0000i   0.0000 - 0.0000i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 - 0.0000i
   0.0000 + 0.0000i   0.0000 - 0.0000i   0.0000 - 0.0000i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i
  Columns 10 through 18
  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i
   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i
   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 - 0.0000i
  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i
   0.0000 + 0.0000i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i
  Columns 19 through 27
   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i
  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i
  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i
   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i
  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i
  Columns 28 through 36
  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i
   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i
   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i
  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 - 0.0000i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i
  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i
  Columns 37 through 45
  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 - 0.0000i
   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i
  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i
  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 - 0.0000i
  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i
  Columns 46 through 54
   0.0000 - 0.0000i  -0.0003 - 0.0000i   0.0010 + 0.0004i  -0.0020 - 0.0009i   0.0014 + 0.0012i   0.0019 + 0.0002i  -0.0066 - 0.0033i   0.0150 + 0.0050i  -0.0151 - 0.0113i
   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0001 + 0.0000i   0.0005 + 0.0001i  -0.0011 - 0.0004i   0.0014 + 0.0006i  -0.0038 - 0.0013i   0.0071 + 0.0035i  -0.0020 - 0.0054i
  -0.0000 + 0.0000i   0.0003 + 0.0001i  -0.0010 - 0.0004i   0.0019 + 0.0009i  -0.0013 - 0.0013i  -0.0030 - 0.0002i   0.0157 + 0.0054i  -0.0375 - 0.0153i   0.0236 + 0.0265i
   0.0000 + 0.0000i  -0.0003 - 0.0001i   0.0011 + 0.0004i  -0.0028 - 0.0011i   0.0038 + 0.0022i  -0.0015 - 0.0020i  -0.0099 - 0.0021i   0.0293 + 0.0114i  -0.0229 - 0.0216i
  -0.0000 - 0.0000i  -0.0002 - 0.0000i   0.0006 + 0.0003i  -0.0008 - 0.0003i  -0.0009 - 0.0000i   0.0061 + 0.0016i  -0.0147 - 0.0069i   0.0308 + 0.0109i  -0.0162 - 0.0197i
  Columns 55 through 63
  -0.0008 + 0.0046i   0.0067 + 0.0029i  -0.0224 + 0.0006i   0.1182 + 0.0336i  -0.1062 - 0.0644i  -0.0323 - 0.0002i  -0.0565 + 0.0041i   0.1953 + 0.0846i  -0.1126 - 0.0892i
   0.0125 - 0.0022i  -0.0271 - 0.0092i   0.0643 + 0.0210i  -0.1383 - 0.0396i   0.1258 + 0.0937i  -0.0502 - 0.0212i  -0.0394 + 0.0168i  -0.2951 - 0.0064i   0.3391 + 0.2131i
   0.0482 + 0.0077i  -0.1187 - 0.0589i   0.1865 + 0.0875i  -0.2631 - 0.1498i   0.2799 + 0.1562i  -0.2732 - 0.1642i   0.4976 + 0.1821i  -0.5523 - 0.3620i   0.1267 + 0.2767i
   0.0037 + 0.0041i   0.0179 + 0.0048i  -0.0657 - 0.0223i   0.1022 + 0.0640i  -0.1043 - 0.0490i   0.1332 + 0.0740i  -0.3454 - 0.0927i   0.3656 + 0.2375i  -0.1618 - 0.2051i
  -0.0074 + 0.0010i   0.0409 + 0.0105i  -0.1255 - 0.0337i   0.0944 + 0.0862i  -0.0470 + 0.0270i   0.0880 + 0.0654i  -0.4120 - 0.1125i   0.2201 + 0.2145i   0.2103 - 0.0084i
  Columns 64 through 72
  -0.0405 + 0.0231i   0.3476 + 0.0401i  -0.3349 - 0.2459i  -0.3398 + 0.1558i   0.6601 + 0.3561i  -0.0726 - 0.3629i  -0.3595 - 0.1502i   0.0657 + 0.2280i   0.0284 + 0.0957i
   0.1252 - 0.1166i  -0.2236 - 0.1675i   0.4673 + 0.0699i   0.4532 - 0.2724i  -1.0651 - 0.5531i  -0.1029 + 0.4122i   0.4644 + 0.3706i   0.0299 - 0.0097i  -0.1805 - 0.0205i
   0.4915 + 0.1927i  -0.6645 - 0.4438i  -0.3580 + 0.1766i   1.2267 + 0.6193i  -0.6793 - 0.7074i  -0.6112 + 0.0108i   0.7655 + 0.6298i   0.1169 - 0.2872i  -0.1642 - 0.3419i
  -0.1874 - 0.0720i   0.4464 + 0.2328i   0.5017 - 0.1025i  -0.7936 - 0.6243i  -0.0408 + 0.2053i   0.3195 + 0.2593i  -0.2727 - 0.0585i  -0.1171 + 0.2229i   0.0926 + 0.2409i
  -0.2283 - 0.1976i   0.5995 + 0.0956i   0.5059 - 0.3290i  -0.7641 - 0.6904i  -0.4843 + 0.0398i   0.2976 + 0.5236i  -0.0612 + 0.2954i  -0.0585 + 0.2944i  -0.0636 + 0.1589i
  Columns 73 through 81
  -0.0440 + 0.0297i   0.0527 + 0.0367i   0.0031 - 0.0289i  -0.0079 - 0.0151i   0.0030 + 0.0001i  -0.0070 - 0.0008i  -0.0034 + 0.0053i   0.0010 + 0.0052i   0.0004 + 0.0020i
   0.0190 + 0.0733i  -0.0439 - 0.0007i  -0.0058 + 0.0304i   0.0012 + 0.0281i   0.0044 + 0.0195i   0.0042 + 0.0037i   0.0037 - 0.0036i   0.0004 - 0.0052i  -0.0001 - 0.0031i
   0.1138 - 0.0330i  -0.0261 - 0.0725i  -0.0611 - 0.0218i   0.0354 + 0.0415i  -0.0162 - 0.0113i   0.0098 + 0.0054i   0.0077 - 0.0033i  -0.0029 - 0.0081i  -0.0000 - 0.0022i
  -0.0439 + 0.0143i   0.0221 - 0.0111i   0.0412 - 0.0309i  -0.0131 - 0.0403i   0.0103 + 0.0001i  -0.0047 - 0.0044i  -0.0064 + 0.0004i   0.0018 + 0.0039i  -0.0001 + 0.0003i
  -0.0075 + 0.0588i  -0.0148 - 0.0074i   0.0188 + 0.0079i  -0.0155 + 0.0047i   0.0094 + 0.0191i  -0.0040 + 0.0034i   0.0008 + 0.0031i   0.0007 - 0.0000i   0.0002 - 0.0007i
  Columns 82 through 90
   0.0003 + 0.0006i   0.0001 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0001i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i
  -0.0001 - 0.0012i  -0.0001 - 0.0003i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i
  -0.0007 - 0.0011i  -0.0002 + 0.0000i   0.0000 + 0.0002i  -0.0000 + 0.0001i   0.0000 + 0.0001i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 - 0.0000i
   0.0004 + 0.0003i   0.0001 - 0.0001i  -0.0000 - 0.0002i   0.0000 - 0.0000i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i
   0.0001 - 0.0005i   0.0000 - 0.0003i  -0.0000 - 0.0002i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i
  Columns 91 through 99
   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i
  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i
  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i
   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i
   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i
  Columns 100 through 101
   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i
  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i
  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i
   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i
   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i
disp('Denominator coefficients:');
Denominator coefficients:
disp(denom);
   1.0e+41 *
  Columns 1 through 9
   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i
  Columns 10 through 18
   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i
  Columns 19 through 27
  -0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i
  Columns 28 through 36
   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i
  Columns 37 through 45
   0.0000 + 0.0000i   0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i   0.0000 + 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 + 0.0000i
  Columns 46 through 54
  -0.0001 + 0.0000i   0.0008 + 0.0002i  -0.0030 - 0.0010i   0.0063 + 0.0027i  -0.0060 - 0.0042i  -0.0013 + 0.0016i   0.0212 + 0.0067i  -0.0470 - 0.0203i   0.0048 + 0.0256i
  Columns 55 through 63
   0.0640 + 0.0258i  -0.1151 - 0.0483i   0.3069 + 0.1080i  -0.4397 - 0.2582i   0.2524 + 0.1529i  -0.2361 - 0.1209i   0.8526 + 0.2673i  -0.7918 - 0.5489i   0.1405 + 0.2889i
  Columns 64 through 72
   0.7023 + 0.2472i  -1.4789 - 0.6347i  -1.0668 + 0.5173i   2.4499 + 1.6315i  -0.1430 - 0.8019i  -1.1907 - 0.7962i   0.9387 + 0.3210i   0.2583 - 0.5671i  -0.2094 - 0.5684i
  Columns 73 through 81
   0.1264 - 0.0422i  -0.0276 + 0.0025i  -0.1141 + 0.0197i   0.0472 + 0.0732i  -0.0264 - 0.0153i   0.0129 + 0.0031i   0.0142 - 0.0041i  -0.0040 - 0.0103i   0.0001 - 0.0021i
  Columns 82 through 90
  -0.0010 - 0.0010i  -0.0003 + 0.0002i   0.0001 + 0.0004i  -0.0001 + 0.0001i   0.0000 + 0.0001i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 + 0.0000i   0.0000 - 0.0000i
  Columns 91 through 99
  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i
  Columns 100 through 101
  -0.0000 - 0.0000i  -0.0000 - 0.0000i
This approach avoids memory issues while ensuring the system dynamics are preserved. 
Some helpful reference links for the same: 


