以下のページの回答欄の図にもありますように、Figure の OuterPosition プロパティの中に axes の Position プロパティが入っています。そのため、PaperPosition のサイズは Position のサイズより大きい必要があります。axes の Position を調節してみてはいかがでしょうか。
参考: Adjusting size of plot in Matlab so that graph does not get cut off by edge of plot window
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